האתרוג רגיש מאד כשאר פירות ההדר. אולם אתרוגים הכשרים לברכה שנותרו מחג סוכות, הם נקיים מכל נגיעות הן פנימית והן חיצונית, כיון שהם מגיעים ממטעים המטופלים היטב, וגם עקב הטיפול בהם עבור מצות הנטילה שלא יהיה שינויי מראה הפוסל באתרוג. אך תוצרת שמגיעה ממטעים שאינם מטופלים [או שלא מטופלים כדבעי, או לעיתים במטעים מטופלים לאחר תום עונת האתרוגים לסוכות], קיים חשש לכנימות מסוגים שונים, ולעיתים למזיקי שדה כגון תריפס, אקריות ועוד שפוגעים גם בפרי עצמו. אולם לזבוב הפירות על פי רוב אין לחוש גם במטעים כאלו. וראה בערך 'פירות הדר' את אופן הבדיקה והשימוש.
