כתב היד ‘עיר חדשה’ של הגאון המחבר זיע”א יוצא לאור עולם לאחר עמל ויגיעה גדולים שנעשו לצורך הפיענוח על ידי רבי נתנאל אביטל שליט”א. כמו כן רבני המכון ערכו את תוכן הדברים והוסיפו הערות ומראי מקומות. צוות רבני המכון מונה את הרבנים הרב אריאל אילוז, הרב דוד בכר, הרב דוד זיאת הרב שריה יצחק, הרב דביר עמר והרב חגי רווח, כשבראש המלאכה מנצחים העורכים הראשים הרב ישראל אנקווה בתחום התוכן והרב נתנאל אביטל בתחום פיענוח כתב היד.
כרך המשניות החדש מונה כ270 עמודים המודפסים בפורמט מפואר ומאיר עינים, תחת ניצוחו של העורך המומחה רבי יהודה קנובליך הי”ו מ’יהודה הפקות’. ותוכו כברו בכריכה מעוצבת בבחינת תורה מפוארה בכלי מפואר.
הספר נפתח ב’דבר המכון’ מאת הגאון רבי שניאור ז. רווח שליט”א ראש המכון, “ומובטח אני שכל המפרשים הש”ס משניות שאני מעיין דבריהם ושונה בהם הם יצאו לקראתי ולדבר בעדי לפני המלך הגדול מלך מלכי המלכים הקב”ה לאחר אריכות ימים ושנים אכי”ר”. ומפליג במעלת המחבר כמי שעמל בתורה תדיר תוך תלאות וצרות רבות.
לאחר מכן דבר העורכים הרב ישראל אנקווה והרב נתנאל אביטל, שבו הם מפרטים את סדר העבודה של פיענוח כתב היד שהיה במצב קשה, העריכה ההגהות וההערות וכל סדר העבודה על ספר זה, תוך מתן דגש שראו לנכון שמקחו של צדיק זה צריכה להתברר במכון העוסק בתורת זרעים, תחת הכוונתו של ראש המכון שליט”א, אשר העמיד את צוות רבני המכון לעסוק במלאכת הקודש, לעמוד על כל תג ותג בדברי קדשו של הגאון המחבר זלה”ה, ע”מ שיהיו חידושיו בהירים, מאירים ושמחים, כשעת נתינתם מסיני וכשעת הורדתם להאי עלמא.
לאחר מכן מופיעים דברי מבוא על תולדות המחבר וחיבורו עיר חדשה. דברי המבוא נכתבו ביד אומן ע”י האי גברא אומן הבקי במלאכתו מלאכת שמים של כתבי קדמונים, מקורותיהם ותולדותיהם, הרב נתנאל אביטל אשר משמש כאמור כעורך ראשי בספר זה. המבוא מקיף באופן מעורר השתאות את תולדות המחבר, משפחתו, חכמי דורו ומקומו ועוד ועוד. לאחר מכן הקדמת המחבר זלה”ה ובו מבאר את שם הספר ‘עיר חדשה’ שבכך בנה לשמו עיר גדולה, שהרי על תלמידי חכמים נאמר ורב שלום בנייך, אל תקרי בנייך אלא בונייך. ומסיים שע”י העיסוק בפירוש המשנה שהיא אותיות נשמה יהיה בזה תיקון לנשמתו לפני כסא כבודו יתברך.
לאחר מכן מתחיל סדר המשניות עם פירוש הרע”ב ותויו”ט ועליהם ביאור עיר חדשה וציונים והערות.
נסיים בציטוט דבר המכון המופיע בראש הספר מאת הגאון רבי שניאור ז. רווח שליט”א ראש המכון, אשר ליווה גם את הוצאת ספר זה עם כל הידע הרב בתורת ארץ ישראל ועם הנסיון והמומחיות בעיון דברי רבותנו חכמי ספרד: “זכות היא למכון, לרבניו וחוקריו, שעוסקים בתורתם של רבותינו הקדומים, וכבר אמרו חז”ל שהכל תלוי במזל ואפילו ס”ת שבהיכל, וכמה אלפים ורבבות כתבי יד, שכתבום חכמים שישבו בכל מדינות העולם עדיין חבויים הם במרתפים שונים, וק”ו של רבותינו חכמי המערב שבצניעותם כלל לא חשבו להדפיס את דברי תורתם, ורוב התורה עדיין בקרן זוית מונחת באוניברסיטאות, בספריות, ואם זה היה כך, דיינו! אלא שבפועל זה מסתובב אצל משפחות ובמקומות אחרים שלא בטיפול הנכון, וכל יום שלא יוצא לאור עולם הוא מאבד מאיכותו, וסופו לכליון. ועל כן כל ספר הניצול ויוצא לאור עולם, הוא יום שמחה לתופשי התורה, ובפרט בתורת זרעים שלא רבים עסקו בתורה זו. וכל המעיין בדבריו רואה כמה היו מאמצי רבינו המחבר זיע”א, ליישב קושיות המחברים, ולבאר באופן שהכל יבוא על מקומו בשלום.