הפלפל עלול להיות נגוע בחרקים, חלקם הפוגעים בפרי הפלפל עוד במהלך הגידול כגון זחלים של עש הפרודניה. עש התפוח המדומה. ובנוסף חרקים כגון כנימות עלה ואקריות, שעלולים למצוא מקום מסתור תחת גבעול הפלפל, או לעיתים אף בשקע שבחלק התחתון של הפלפל. לעיתים בסדקים שנוצרו בפלפל ניתן לראות רימות של זבובי תסיסה.
להבדיל מחרקים קטנים אלו שאינם חודרים בד"כ לתוך הפלפל, זחל העש חודר לתוך הפלפל מאזור גבעול הפרי, ואין מקום הכניסה תמיד ניכר, אולם בתוך הפלפל הוא משאיר סימנים של גללים וכיו"ב.
לעיתים נדירות יותר, יש פגיעה בפלפל של זבוב הפירות, תופעה זו היא מהשנים האחרונות יותר, והיא מופיע בעיקר בתקופת האביב והקיץ, ובעיקר בפלפל הגדל ללא רשת [25 מש לפחות] אלא בשטח פתוח.
כאשר הנקבה מטילה ביצה באמצעות צינור הטלה בעומק של 5-2 מ"מ, הרימות בוקעות, נוברות וניזונות מציפת הפרי. לפני שלב ההתגלמות הן יוצאות מהפרי מבעד לנקב בקליפה, ומתגלמות בקרקע.
מקום העקיצה ניכר יחסית, כאשר סביבו יש כתם בהיר יותר, ובהגדלה ניתן להבחין בסדק,
אופן הבדיקה והשימוש:
חותכים את החלק העליון של הפלפל ומוציאים את הגבעול יחד עם הגרעינים, ומתבוננים בתוכו, באם הפלפל נקי ואין בו זחלים או סימנים חריגים, שוטפים אותו היטב תחת זרם מים, ובעיקר יש להקפיד לשטוף היטב במקומות השקועים שבצד החיצוני של הפלפל. גם את פנים הפלפל שוטפים היטב תחת זרם מים – ודי בכך.
הבדיקה האמורה בפלפל, היא בכל סוגיו וצבעיו, הן המוארכים והן הרגילים, הן הסוגים המתוקים והן הסוגים החריפים.
פלפל יבש חריף/מתוק – ראה בערכו. [עוד ראה שם בערך 'סחוג'].
